解決法はこちら
[tips][Linux]旧バージョンCentOSでyum更新できなくなった時 – Akira's Tech Notes
yumのレポジトリの参照している場所が古くてもう使ってないいらしい．
でも実はこちらを採用．最終的にやりたいことは同じ．
yumのBaseリポジトリを理研ミラーリポジトリに変更（CentOS 6） – Qiita
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僕の場合はもう１つ問題があった．
yum updateで上のエラーは出なくなったが，Cannot Retrieve repository metadata 云々というエラーがでた（というか残ってた）．
↓で解決する．エラーが出たところのレポジトリを
enable=0
に変更して無効にしてやればよかった．
yumで「Cannot retrieve repository metadata」エラーが出るときは － ＠IT